Constellation, le dépôt institutionnel de l'Université du Québec à Chicoutimi

Résumé

La population d’ascendance canadienne-française du Québec présente un portrait génétique unique façonné par l’histoire de son peuplement. Cette population ayant connu un effet fondateur a permis l’identification de variants génétiques liés à des maladies rares, ainsi qu’une meilleure compréhension du lien entre démographie et génétique. Malgré l’effet fondateur initial, une stratification existe au sein du patrimoine génétique québécois. Des évènements fondateurs régionaux ont influencé la diversité génétique au sein de la province et de ses différentes régions. Notamment, des études approfondies de la génétique de la population du Saguenay–Lac-Saint-Jean ont permis d’établir la présence d’une structure régionale spécifique où certaines maladies globalement rares atteignent des prévalences élevées. Bien que des tests de porteur soient actuellement disponibles pour quatre maladies rares dans les régions du Saguenay–Lac-Saint-Jean, de Charlevoix et de la Côte-Nord, d'autres zones, comme la Beauce, demeurent peu étudiées malgré des indices d'un effet fondateur régional. Ainsi, cette étude vise à caractériser l’effet fondateur régional de la population beauceronne en analysant les généalogies ascendantes d’individus mariés en Beauce entre 1935 et 1960. Pour ce faire, nous décrivons l’évolution des coefficients d’apparentement et de consanguinité moyens, ainsi que du taux de diversité des ancêtres, depuis le début du peuplement européen jusqu’à 1960. En comparant ces valeurs avec celles du Saguenay–Lac-Saint-Jean et de Montréal, on constate que la Beauce se distingue par un apparentement et une consanguinité croissants, surpassant Montréal, mais restant inférieurs au Saguenay–Lac-Saint-Jean. De plus, la diversité des ancêtres y est faible et comparable à ce qui est observé au Saguenay–Lac-Saint-Jean. Ensuite, en profitant de la structure particulière de la région, nous avons cherché à identifier des variants rares et pathogènes qui sont plus fréquents dans la région à cause de l’effet fondateur régional. À partir de données génétiques de la cohorte CARTaGENE et d'une cohorte de familles multigénérationnelles de Beauce et du Saguenay–Lac-Saint-Jean, nous avons identifié les individus d’ascendance beauceronne et ceux des régions urbaines du Québec. Nous avons comparé la fréquence de variants pathogènes rares entre ces deux groupes, puis, en nous basant sur les segments identiques-par-descendance partagés entre les porteurs de ces variants, nous avons identifié 28 variants pathogènes fondateurs en Beauce. Cette étude fournit le premier portrait détaillé du paysage génétique et généalogique de la Beauce, révélant un effet fondateur distinct et une fréquence élevée de certains variants pathogènes rares. Ces résultats mettent en lumière l’importance de considérer la structure fine des populations pour mieux comprendre la répartition des maladies rares au Québec et ailleurs pour ainsi faciliter leur diagnostic.