Constellation, le dépôt institutionnel de l'Université du Québec à Chicoutimi

Résumé

La COVID-19 est la maladie causée par l’infection au virus du SARS-CoV-2, auquel le monde a été confronté dès le début de l’année 2020. Se transmettant par microgouttelettes. Il atteint les voies respiratoires et provoque des dégâts systémiques. Le spectre de la symptomatologie de la COVID-19 est très large, allant de la forme asymptomatique jusqu’à l’hospitalisation nécessitant une assistance respiratoire, pouvant même entraîner la mort. Dans ce contexte, le monde de la recherche a concentré ses efforts afin de trouver des solutions pour endiguer la propagation du virus, mais également pour connaître les fondements biologiques permettant de cibler les personnes à risque de développer la forme sévère, une nécessité pour réduire la pression sur le système de santé face à de nouvelles vagues. Le système respiratoire abrite un microbiome intimement lié à la santé de l’hôte, et qui peut également influencer l’établissement, et l’évolution d’une maladie. Des études ont montré que le microbiome peut moduler le système immunitaire et protéger l’hôte en maintenant un environnement robuste et résistant à l’inflammation et aux pathogènes. Le projet de ce mémoire avait pour objectif de comparer la diversité microbienne du microbiome respiratoire des personnes atteintes de la COVID-19 (n=182) à celle des personnes non atteintes (n=75), à partir du gargarisme obtenu à la suite du test de dépistage de la COVID-19. À travers ce projet, il a également été possible de rendre compte des différences de diversité microbienne chez les personnes infectées par SARS-CoV-2 au niveau de la cavité buccale et oropharyngée. Les analyses comparatives ont démontré une différence significative entre les communautés bactériennes chez les personnes infectées par le virus comparativement aux personnes non infectées. Des biomarqueurs bactériens ont été ciblés pour le microbiome des personnes atteintes et non-atteintes. De même, une plus grande diversité taxonomique bactérienne a été observée chez les personnes testées positives à la COVID-19. Cette étude suggère une dysbiose du tractus respiratoire chez ces personnes. Dans ce contexte, des pathogènes opportunistes pourraient causer des infections secondaires et aggraver la maladie. Enfin, l’identification de biomarqueurs pourrait servir d’outil prédictif et améliorerait la prise en charge des personnes vulnérables par exemple par le développement de protocoles de prévention ciblés ou par l’application de traitements préventifs et de thérapies personnalisées.